Costruita su un possibile insediamento etrusco, la zona più antica del paese sorge sulle rovine di una villa rustica di età romana (I sec. a.c.) di cui si possono ancora scorgere certe fondamenta e i resti di strutture con pavimenti a mosaico interpretati come piscina interna. Le origini certe del paese quale comunità organizzata risalgono al XVI secolo quando il pontefice Leone X, in segno di riconoscenza per i numerosi servigi prestati alla Chiesa, concesse questi territori al condottiero Renzo da Ceri della famiglia Orsini– Anguillara i cui discendenti fondarono il Borgo di San Giovanni come feudo in onore di un componente della famiglia stessa che porterà il nome di Giovanni Battista ora patrono del paese che stabilirà la definitiva autonomia politica con l’unità nazionale.
San Giovanni ha mura intersecate da torrioni, parte di stile etrusco e parte di romano; cosicchè è presumibile vi esistesse qualche castello ben fortificato (1894)
“Chiunque compia azioni o realizzi iniziative a favore di Villa San Giovanni in Tuscia è degno di lode” (2011)
- citazioni prese da “I Libri della Scuffiaccia” (Angelo Capuzzi e Micaela Merlino)
